自西元20XX年(👨)，人类从肯亚图尔卡(💏)纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便(📠)开始对(🈺)它进行(🍐)研究，后来有人(🌇)重建出来所谓的(📸)“神之语言”，并(🤓)建立(👈)电脑程(💭)式以启动原始索哈尔，进(🕤)行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红(🔩)色波动存在)连(🔧)结的连结实验，但很不幸地，从上(🏳)位领(🚿)域流入下位领域的能量造成(✅)了(⛅)事象变移，使(📎)地球(游戏中所(⏪)谓的“失(🌶)落耶(💰)路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡(🔁)，离开(🏒)地球。　　(🏻)到了四千年多后，在故事(🥡)开(🔝)始(🦊)前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米(🐯)尔奇亚冲突事件(🍘)，在此次事件当中(💈)，米尔(🕗)奇亚行星的人类疑似遭(✡)到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事(🔩)件(🏼)的真相(💜)却因为米尔(🎋)奇亚的消失而不为人知(🍇)。在事件后，启动原始索哈(😔)尔（后来人类(🚘)制(📸)造出了十二具索哈尔模(🛎)拟体，因此原有的索哈尔就(🕵)被称之为原始索(🛸)哈尔）所需的神之(😫)语言、原(🗨)始索哈尔的研究成果、米尔奇(🕢)亚(🏻)的U.M.N.座标等事物(🌅)，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百(🌏)式(🍣)观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了(🏰)各方势(📎)力(😇)对M.O.M.O.的(🛫)争夺，因(🙂)此星团联邦(🍡)政(🍯)府(游戏中(🚭)统治各行星(✳)的政府，英(🐘)文名Galaxy Federation)雇了一个(🐣)名叫Ziggurat 8的(🔝)生化人(Cyborg)，以保护(🎂)M.O.M.O.的(👛)安全。　　另(⏹)一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后(🐯)的十几年，也就是大约在(🏋)游戏EPI开始(✳)的时候，当时最大的企业贝(📂)克达公司以对抗(⚪)格诺西斯侵扰的(📮)名义，进行(🙋)对格诺(🐂)西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但(🈺)和当(📍)时多(🚹)使用合成人(Relian)与生化人(🕢)(Cyborg)的情况所(🐅)不同的(🎳)是，KOS-MOS是个纯粹的机(🤟)械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发(🧔)局研究人(💜)员卯月紫(🔂)苑，正乘着当时载有还没(🏫)正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进(🐶)行旅(🌁)途(🤢)。但没想到其太空船却被冲著(🌍)索哈尔而来(🎰)的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也(🚏)在此时(🍓)突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格(🐭)诺西斯及索哈(🗾)尔有关的阴谋(🥛)，以(🎅)及(🏌)会改变人类命运的事件当中……